Bilinçaltımızın yansımaları olarak da görülen rüyalar, bilim dünyasında çok ilgi duyulan, ancak hâlâ tam olarak çözülememiş bir konudur. Beynimizin bir ''dengeleme'' şekli olarak da kabul gören rüyalar, Freud tarafından, bireyin derin gereksinim ve arzularını ve bunların doyumunu ifade ettiği durum şeklinde yorumlanırken; Gustav Jung tarafından arketipler* yolu ile ele alınmıştır. Bu psikanalizciler, rüyaları bilinç ve bilinçdışının etkileşimi olarak incelemişlerdir.


Ardından, 1953 yılında uykudayken, belli zaman aralıklarıyla görülen hızlı göz hareketlerinin (Rapid Eye Movements-REM) rüya görmeyle ilişkili olduğunun anlaşılmasıyla, rüya araştırmalarında yeni bir dönem başlamıştır. REM uykusunda, EEG'de (elektroensefalogram: beyinin elektriksel aktivitesinin grafiksel kaydı) görülen yüksek genlikli yavaş dalgaların yerini, hızlı ve düşük voltajlı dalgalar alır. Bu uykuya, ''paradoksal uyku'' da denir. Söz konusu uyku sırasında, retiküler formasyondan** gelen uyarılara karşı, eşik değer yükselir. En tipik özellik, hızlı göz hareketleridir. REM uykusu sırasında boyun kaslarının aktivitesi önemli ölçüde azalır.

REM uykusu sırasında, beyindeki pons, amigdala ve anterior cingulate gyrus bölgelerinde aktivite artışı gözlenirken; prefrontal ve parietal kortekslerde aktivite gözlenmez. Görme ile ilgili asosiyasyon alanlarda*** aktivite artışı olurken, primer görme korteksinde aktivite azalır (Bu sonuçlar, uyku sırasında çekilen ''positron emisyon tomografisi'' (PET) çekimlerinden elde edilmiştir.). PET sonuçları, REM uykusu sırasında beynin dış dünya ile ilişkisinin kesilip, duygusal aktivitesinin arttığını gösterir. Tüm bunlar, rüyaların anlaşılmasında etkin rol oynamaktadır. Ancak rüyalar ile ilgili birçok çalışma da gelişerek devam etmektedir.

Mesela Japonya'daki çalışmalarda, rüya esnasında gözdeki retinaya gelen sinyaller, dijital ortama aktarılmaya çalışılarak beyin-rüya ilişkisinin çözülmesi amaçlanmaktadır. Ayrıca Cape Town Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, fonksiyonel MRI (manyetik rezonans görüntüleme) ve PET teknikleri ile rüya fizyolojisi üzerinde çalışmaktadırlar. Burada elde edilen verilere göre, rüya esnasında, derin beyin yapıları ve limbik sistem aktif bir şekilde çalışırken, mantıklı ve sağlıklı davranış biçimlerimizi şekillendiren ön korteks bölgesi, pasif bir bekleyiş sürecini yaşamaktadır. Ayrıca rüyalarda birçok mantıksız olayın görülmesi, ön korteks bölgesi denetlemesinin devreye girmemesinden kaynaklanıyor olabilir.

Bir çok antidepresan ilacın, rüyaları inhibe ettiği, yani rüya görmeyi engellediği ya da rüyaları asgari düzeye indirdiği düşünülmektedir. Dışarıdan alınan biyolojik ajanlarla (antidepresanlar gibi) rüyaların engellenmesi, aynı zamanda beynin bir ''rüya nörokimyası'' olduğunu göstermektedir.

Kekule von Stradonitz'in benzenin yapısını (hexagon: altıgen) bulması, Mendeleyev'in peryodik tabloyu bulması, John von Neumann'nın bilgisayarların temelini atan buluşlara imza atması, Norbert Wiener'in radarı bulması, Einstein'in rölativite kuramı ile ilgili bazı gerçekleri formülize etmesi ve Tesla'nın bazı buluşları, rüyaları sırasındaki esinler sayesinde gerçekleşmiştir. Otto Loewi adlı farmakolog ise sinir akımına ilişkin araştırmalarını, bir rüyasından ilham alarak sürdürmüş ve akımdaki aktarımın kimyasal bir temele sahip olduğunu ortaya koyarak 1936'da Tıp ve Fizyoloji dalında Nobel Ödülü almıştır.

Bunun yanında, Beethoven, Mozart, Schumann ve Saint-Saens gibi ünlü kompozitörler, bestelerinin bir kısmını rüyalarında görerek notaya almışlardır.

*Arketip: Jung'a göre dünyaya, belli bir yöne tepki verme bağlamında, doğuştan gelen bir eğilimdir. Nasıl gözler, kulaklar çevreye uyum sağlamak için bir evrim geçirmişse, elbette beyin de bir evrim geçirmiştir. Bu evrim, sayısız kuşak tarafından tekrar tekrar karşılaşılan yaşantılara, maksimum düzeyde tepki vermek yönünde olmuştur. Herhangi bir yaşantıya yönelik arketipler evrenseldir ve her kuşakta yer alan üyeler, bu deneyimleri yaşar. Örneğin, yılandan korkma. Bunun için kesinlikle yılanla karşılaşmamız gerekmez. Bu korku, kuşaklar boyu edinilen yaşantılar sonucu kazanılmıştır. Arketiplere nasıl yanıt vereceği, kişinin yaşam şartlarına bağlıdır.

**Retiküler formasyon: Dış uyaranlardan etkilenmememizi, daha doğrusu bunlara alışmamızı sağlamak gibi bir görevi bulunan beyin bölgesi.

***Asosiyasyon alanlar: Farklı alanlardan gelen algısal fonksiyonları "bilinç" adı altında bütünleştiren ve bireyin (insan olmak zorunda değil) bu süreçlerin sonuçlarını algılamasını sağlayan birleştirici alanlar.